ExPASy é o Portal de Recursos de Bioinformática do Instituto Suíço de Bioinformática(SIB), que fornece acesso a bancos de dados científicos e ferramentas em diferentes áreas das ciências da vida, incluindo proteômica, genômica, filogenia, biologia de
sistemas, genética de populações.
O Protein Data Bank (PDB) é o único repositório mundial de informações sobre as estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos.
O Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia fornece acesso a informações biomédicas e genômicas.
É possível buscar por proteínas, DNA & RNA, bioensaios, produtos químicos, análise de sequências, entre outros.
O Instituto Europeu de Bioinformática (EMBL-EBI) desenvolve bancos de dados, ferramentas e software que permitem alinhar, verificar e visualizar os diversos dados produzidos em pesquisas públicas, e disponibiliza essas informações gratuitamente a todos.
O Banco de Dados de DNA do Japão é um banco de dados para pesquisas online.
UniProt (Universal Protein) é uma base de dados, acessível gratuitamente, de alta qualidade e completa de informação sobre sequências de proteínas e as suas funções, na qual muitas das entradas procedem de projectos de sequenciamento de genomas.
Contém
uma grande quantidade de informação sobre as funções biológicas das proteínas, derivada da literatura científica.
KEGG (Enciclopédia de Genes e Genoma de Kioto) é uma coleção de bancos de dados on-line que lidam com genoma, vias metabólicas e substâncias químicas biológicas.
O banco de dados registra redes de interações moleculares
nas células e variantes específicas a determinados organismos.
O GenomeNet é um banco de dados para pesquisa de genoma e áreas de pesquisa relacionadas a ciências biomédicas, operadas pelo Centro de Bioinformática da Universidade de Kyoto no Japão.
Programas Online
Ferramenta de alinhamento de múltiplas sequências de Florence Corpet
Clustal Omega é a mais recente adição à família Clustal, com qualidade dos alinhamentos melhoradas, tornando-a superior as versões anteriores.
Ele oferece um aumento significativo na escalabilidade em relação às versões
anteriores, permitindo que centenas de milhares de sequências sejam alinhadas em apenas algumas horas.
FASTA é um pacote de software para alinhamento de sequências de DNA, e proteínas, descrito primeiramente (como FASTP) por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985.
O formato de arquivo definido pelo FASTA é um dos principais
formatos utilizados para armazenamento de sequências biológicas.
BLAST é um algoritmo para comparar informações de sequências biológicas primárias, tais como sequências de aminoácidos de diferentes proteínas ou nucleotídeos de sequencias de DNA.
Programas Offline
Alinhamento múltiplo de sequências de ácidos nucleicos e proteínas
O FASTA BLAST Scan é um programa, lançado sob a Licença Pública Geral GNU (GPL), para processar o alinhamento de sequências de nucleotídeos, feito com as ferramentas de alinhamento FASTA e BLAST.
Gegenees é um projeto de software para análise comparativa de dados da sequência do genoma inteiro e outros dados da Sequência de Nova Geração (NGS).
O software pode, por exemplo, comparar um grande número de genomas microbianos,
fornecer uma visão geral filogenômica e definir assinaturas genômicas exclusivas para grupos-alvo especificados.
Software de código aberto com o objetivo principal de auxiliar cientistas moleculares sem muita experiência em Bioinformática a gerenciar, analisar e visualizar seus dados.
O Seqtools é uma grande coleção de ferramentas para análises básicas e avançadas de sequências de nucleotídeos e proteínas.
As ferramentas são agrupadas em uma interface de usuário comum, tornando o manuseio, o armazenamento,
a recuperação e a visualização dos resultados fáceis e lógicos.
O Seqool é um software de análise de sequência gratuito (para uso educacional) projetado principalmente para pesquisar sinais biológicos em sequências de ácidos nucleicos.
RNAstructure é um pacote completo para previsão e análise de estruturas secundárias de RNA e DNA.
RNAdraw é um programa de desenho de RNAs que possibilita monitorar mudanças de estrutura e energia de acordo com a sequência inserida.
